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Un jour, un portail nommé Gate s'ouvre sur la Terre en plein centre de Tokyo. Ce portail reliant deux monde mène à une attaque sanglante de l'autre monde sur la Terre. Dans cette agitation, nous suivons l'otaku et militaire par la même occasion nommé Youji Itami. Ce dernier, abandonne sa convention pour venir en aide à un policier et pour mener à bien l'évacuation des survivants.

Après que l'armée ait vaincu l'attaque surprise de l'autre monde, Youji est récompensé pour sa bravoure et son héroïsme et est promu second lieutenant de l'armée.

Quelques mois plus tard, le gouvernement Japonais décide d'explorer le monde parallèle pour se protéger et anticiper une quelque seconde attaque.

Après avoir passé la porte, nous suivrons l'unité de reconnaissance de Youji qui fait connaissance avec les habitants de ce monde et de ses problèmes.