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Japon, an 2035. Grâce au Centre de Recherches en Biotechnologies Kiryû, la médecine a fait de fabuleux progrès au Pays du Soleil Levant. Mais un jour, quelque chose tourne mal et le laboratoire est englouti par une substance "consciente" : la Matière maligne. Cette dernière gagne ensuite la rivière et s'écoule dans toute la région de Kurobe, paralysant toute la zone, avant d'être stoppée juste avant d'atteindre la mer.
Une catastrophe sans précédent baptisée le "Burst".

Deux ans plus tard, la situation est toujours au point mort car les autorités hésitent entre détruire la Matière par le biais d'une action militaire ou trouver une issue scientifique qui préserverait une partie des avancées médicales.

Aiko Tachibana, adolescente grièvement blessée dans un accident juste avant le Burst, vit et étudie à l'hôpital depuis car sa famille fait partie des victimes de la catastrophe. Un jour, elle fait la connaissance de Yûya Kanzaki, un nouvel élève bien mystérieux, qui va lui apprendre qu'elle seule est capable de mettre un terme au Burst.