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Takumi Fujiwara a rejoint le Project D, une équipe formée par Ryosuke Takahashi, après ses études secondaires. Sa dernière bataille contre Joushima Toshiya s'est terminée en une victoire malgré qu'il ait abîmé ses suspensions car Joushima a du abandonner, ne supportant plus la course physiquement.
Pendant que l'AE86 est en réparation et amélioration au niveau de ses suspensions et des pneus, Takumi continu son travail de livraisons avec la Subaru Impreza WRX de Bunta. Il tente d'appliquer une technique dont lui a parlé Ryousuke, conduire à une seule main, mais c'est difficile pour lui car il faut tout prédire, avoir une totale confiance et un total contrôle des choses.
Côté sentiments, vu que Takumi est rentré dans le Project D et que Natsuki est partie à Tokyo, celui ci n'est plus vraiment amoureux. C'est alors qu'il va faire, malgré lui, une rencontre plutôt violente avec une jeune fille qui le prend pour quelqu'un d'autre. Cette rencontre ne le laissera pas indifférent.
Une fois la AE86 réparée, le Project D s'approche de la dernière étape. Il reste encore une bataille finale à Ibaraki, puis il faudra aller à Kanagawa, en territoire inconnu. C'est ici que le vrai challenge commence ! Le "D" de Project D va enfin pouvoir prendre sa réelle signification !